离异后离婚协议表明，农村房屋和土地都属于女方，但一直由男方使用，能否收回

离婚协议已经在民政局登记过了
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依据你们协议约定处理
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依照《中华人民共和国民法典》的相关规定，离婚后，夫妻就财产进行分配时，夫或妻在家庭土地承包经营中享有的权益，依法受到保护。依照《农村土地承包法》相关规定，妇女离婚后，仍在原居住地生活，或者不在原居住地生活、但在新居住地未取得承包地的，发包方不得收回其原承包地。
法律依据：《中华人民共和国民法典》
第一千零八十七条，离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理;协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。
对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
《农村土地承包法》
第三十一条，承包期内，妇女结婚，在新居住地未取得承包地的，发包方不得收回其原承包地;妇女离婚或者丧偶，仍在原居住地生活或者不在原居住地生活但在新居住地未取得承包地的，发包方不得收回其原承包地。